Seit der Version 2.0 untersützt VirtualBox 64 Bit Gastsysteme auf einem 32 Bit Hostsystem. Somit kann man z.B. auf einem Windows XP (32 Bit) System ein Windows Vista (64 Bit) System laufen lassen. Dies ist sehr angenehm, da man auf einem Desktop PC aufgrund der Treiber und Updates Problematik nur in sehr seltenen Fällen ein 64 Bit System laufen hat.
Windows 64 Bit Systeme benötigen eigene Treiber für die Hardware. Diese stehen (vor allem für ältere Geräte) nicht immer zur Verfügung. Auch gibt es für 64 Bit Systeme von Microsoft eigene Updates welche mit den 32 Bit Versionen nicht kompatibel sind. Einer der größten Vorteile eines 64 Bit Systems ist, dass dieses sehr viel mehr Arbeitsspeicher nutzen kann. Windows XP 32 Bit kann z.B. zur Zeit nur ca. 3,5 GB Ram nutzen, egal mit wieviel der PC ausgestattet wurde. Der theoretische Geschwindigkeitsvorteil eines 64 Bit Systems fällt in der Realität bei den meisten Programmen kaum ins Gewicht.